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En agosto de 2022, el museo fue incorporado oficialmente como el Museo de Historia Natural y Conservación de Puerto Rico por el Departamento de Estado de Puerto Rico. Este reconocimiento legal establece formalmente la identidad del museo y las directrices para su operación, incluyendo transparencia, rendición de cuentas y cumplimiento con las leyes aplicables.

La organización cuenta con la certificación de exención contributiva 501(c)(3) en los Estados Unidos y con la certificación de exención contributiva para organizaciones sin fines de lucro 1101.01(a)(2)(A)(viii) en Puerto Rico, como entidad museística.