La misión del museo se sostiene en la colaboración con el Municipio de Aguadilla, universidades, organizaciones sin fines de lucro, entidades privadas y la comunidad en general. Juntos, buscamos educar a través de diversos temas de las geociencias y las ciencias de la vida. Reconociendo el valor de exhibir la singular historia natural de Puerto Rico, nuestros colaboradores y el personal del museo han invertido recursos de todo tipo para mostrar los ámbitos naturales del archipiélago en nuestras salas.

En agosto de 2022, el museo fue incorporado oficialmente como Museo de Historia Natural y Conservación de Puerto Rico ante el Departamento de Estado de Puerto Rico. Este paso legal asegura la identidad del museo y establece las directrices para su operación. La organización obtuvo la certificación de entidad sin fines de lucro 1101 del Departamento de Hacienda de Puerto Rico y la certificación 501(c)(3) como organización sin fines de lucro en los Estados Unidos.

La Junta de Directores del museo está compuesta por Maribel Ramírez Toledo (presidenta), los cofundadores Dr. Jorge Vélez Juarbe (vicepresidente) y Dr. Hernán Santos Mercado, el Dr. Michael González Cruz (secretario), la Dra. Emilia Quiñones, la Sra. Ana Rivera y otros miembros de la comunidad y la academia.

El Municipio de Aguadilla aprobó el uso del primer y segundo piso del edificio del Archivo Histórico para el Museo de Historia Natural y Conservación de Puerto Rico, y participa en planes para ampliar nuestras valiosas colaboraciones, incluyendo medidas de cooperación por parte de la Legislatura Municipal.

En agosto de 2024, el equipo trabajó junto a legisladores en el desarrollo de la Ley 69 de 2024, que promueve la historia natural de nuestro archipiélago de Puerto Rico y designa octubre como el Mes de la Historia Natural.